Det var dock bara ett ut av många åtal som väckts mot expresidenten. Han åtalas även för brott mot mänskliga rättigheter, korruption och muthärvor. Fujimori har dock konsekvent förklarat sig oskyldig till samtliga anklagelser både före och under rättsprocessen. Han menar istället att det var han som introducerade mänskliga rättigheter (läs tidigare publicerad artikel) i landet i sin heroiska ”kamp mot terrorism”.

Han sade sig inte ha någon kännedom om de dödskvadroner som härjade landet både före och under hans ämbetsperiod mellan 1990 till år 2000. Den ökända dödskvadronen Grupo Colina uppger däremot att Fujimori visst gav dem order och att ett etablerat samarbete dem emellan fanns.

På åtalspunkten om den olagliga husrannsakan av Trinidad Becerras hem år 2000 har Fujimori blivit fälld. Trinidad Becerras var gift med Vladimiro Montesinos som i sin tur var högste chef för den peruanska underrättelsetjänsten och en mycket nära medarbetare med Fujimori. År 2000 flydde Montesinos landet efter att en mutskandal uppdagades med honom som huvudperson. Videoband som klart och tydligt visade Montesinos muta politiker och journalister hade läckt ut och han flydde landet för att undvika åtal. Då tog sig personer som utgav sig för att komma från åklagarmyndigheten in i parets lägenhet för att undanröja alla kvarvarande bevis.

Domstolen ansåg Fujimori bära ansvaret till denna skandal och dömde honom därför till sex års fängelse samt ett skadestånd på 800 000 kronor. Men fortfarande återstår åtalspunkter som till exempel berör massakern vid La Cantuta universitetet och i bostadsområdet Barrios Altos. Åklagarsidan yrkar på att Fujimori ska dömas till 30 års fängelse och att han ska betala ett skadestånd på drygt 200 miljoner kronor för sina brott mot mänskliga rättigheter. Men även ytterligare rättsprocesser väntar för Fujimori, som tar upp anklagelser om olaglig avlyssning, mutbrott och korruptionsbrott. Fujimori har deklarerat att han ska överklaga domen för att få en strafflindring.